Não existe opção correta. Tudo depende do propósito do médico, seu modelo de trabalho, clientes e organização tributária. A atividade médica permite exercer a profissão sem ter que abrir uma empresa (CNPJ). Atendendo como pessoa física, o médico pode emitir recibos usando seu CPF. Neste caso deve-se atentar para a contribuição mensal do INSS e a declaração anual do Imposto de Renda sobre todos os ganhos.
Esta opção é a mais comum, nem sempre a mais vantajosa. Em um cálculo rápido e atribuindo a opção pelo Simples Nacional, um faturamento acima de R$ 5 mil já se torna mais vantajoso do ponto de vista tributário, abrir um CNPJ de Microempresa (ME). Porém se a opção for atuar como médico autônomo, o profissional deve emitir os recibos em todas as ocasiões, mesmo que o paciente não solicite e deve manter o livro caixa sempre atualizado.
As despesas de aluguel, condomínio, IPTU, pagamento de funcionários com seus encargos trabalhistas, energia elétrica, telefone, água e o material aplicado no exercício de sua profissão podem ser deduzidos do IRPF na declaração anual. A apuração do imposto de renda será sobre o seu rendimento líquido, que é o valor usado para recolhimento do imposto de renda, podendo chegar a 27,50%. Além do Imposto de Renda, deverão ser pagos o INSS, alvará de localização e o ISSQN Autonomo.
Caso a opção seja pelo CNPJ médico, o profissional deve emitir notas fiscais para seus pacientes usando o CNPJ, e a tributação será calculada de acordo com as regras do Simples Nacional ou do Lucro Presumido. Na maioria dos casos, a partir de R$ 5 mil o CNPJ é mais vantajoso. E se você tiver folha de pagamento e receber pró-labore, o imposto poderá ficar ainda menor utilizando o Fator R.
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